Puedes utilizar tus propios CSS o JS, pero no puedes alojarlos en MercadoShops.

Lo que debes hacer es:
1) Sube tus archivos a un servidor externo o al hosting que tengas contratado.
2) Incluye un link a estos archivo desde los html que te dejamos editar.

Si necesitas que esos archivos estén disponibles en todas las páginas, incluye el link en el header.html o footer.html.

También puedes incluir scripts inline, o puede agregarlos en la carpeta /images.