Sí, tienes 3 opciones diferentes:

1) Guardar tus archivos en la carpeta /images (no recomendado).
2) Poner el script inline (depende el caso).
3) Subirlo a un servidor externo y linkearlo.

Ten en cuenta que los scripts de MercadoShops siempre se van a cargar al final de la página, después de tus archivos.

jQuery o tus propios Javascript deberás alojarlos en tu propio servidor o hosting que contrates por tu cuenta, y linkearlos desde alguno de los archivos html que te descargas en el zip, según corresponda.
Si quieres tener tus scripts disponibles en todas las páginas del sitio, te recomendamos linkearlos desde el archivo footer.html